از زمان حکومت متوکل عباسی (۲۳۲- ۲۴۷ ه. ق. / ۸۴۷ - ۸۶۱ م.) سیاست مدارای مأمون (۱۹۸- ۲۱۸ ه. ق. / ۸۱۳ - ۸۳۳ م.) و خلفای پس از وی با شیعیان یکباره به کنار گذشته شد. در دوران متوکل به دستور او حرم حسین بن علی تخریب شد و امام دهم شیعه، هادی، از مدینه به سامرا فراخوانده شد تا تحت نظارت خلیفه باشد. متوکل از هیچ وسیله ممکن در آزار رساندن و بی احترامی به وی دریغ نمیکرد. گزارشها حاکی از آن است که فشار شدیدی بر امامان در سامرا میآمد و شیعیان در عراق و حجاز در شرایط اسف باری زندگی میکردند. منتصر، پسر و جانشین متوکل این سیاستها را برداشت و در نتیجه امام هادی آزادی بیشتری پیدا کرد. سیاستهای متوکل در زمان مستعین (۸۶۲ - ۸۶۶ م.) هم ادامه یافت. احتمالاً در این زمان بود که امام دهم شیعه عثمان بن سعید را به نمایندگی خود در عراق برگزید (که البته این نمایندگی در زمان امام یازدهم حسن عسکری نیز تایید شد).[۵۹] در دوران آخرین امامان شیعه، شبکهای از وکلا شکل گرفته بود؛ البته این شبکه بیشتر از آنکه به مانند سایر شبکههای علوی آن زمان (اسماعیلیه، زیدیه، نوادگان حسن بن علی) به قصد برپایی قیام تشکیل شده باشد، کار گردآوری وجوهات دینی مانند خمس و زکات را انجام میداد.[۶۰] شرایط سیاسی و مذهبی سالهای آخر امامت حسن عسکری و نخستین دهههای پس از مرگ او —همزمان با خلافت معتمد عباسی (۲۵۶ -۲۷۹ ه. ق. /۸۷۶-۸۹۲ م.)— بسیار پرچالش بود. این دوران به جهت سیاسی، مصادف بود با عصر ضعف خلافت عباسیان؛ بدین صورت آنان از اعمال مؤثر حاکمیت خود جز در بخش محدودی از سرزمین عراق ناتوان بودند. در این دوره، افراد مختلف در جایجای قلمرو عباسیان قیام کردهبودند و سرزمین مسلمانان دچار تجزیه سیاسی شدهبود. معتمد عباسی، حسن عسکری را —که رقیبی بالقوه برای خلافت به شمار میرفت— در سامرا تحت نظارت و مراقبت قرار داده و او را حتی از ملاقات با پیروانش نیز بازداشته بود.[۶۱][۶۲]
سالهای آغازین موسوم به غیبت کبری، همزمان با دورانی بود که به «قرن شیعه» معروف است. در سال ۳۳۴ ه. ق. /۹۴۵ م. بنیعباس تحت سلطهٔ حکومت شیعهٔ آلبویه درآمد؛ آل بویه با اینکه احتمالاً در آغاززیدی بودند، هنگامی که به حکومت رسیدند به شیعهٔ دوازده امامی گرایش یافتند؛ آلبویه چون از نسل پیامبر مسلمانان نبودند باید امامی زیدی از نسل پیامبر را برای اطاعت کامل از او به امامت میرساندند. بنابراین احتمالاً به همین دلیل بود آنان پس از رسیدن به حکومت، به شیعه دوازده امامی متمایل شدند و ایدهٔ یک امام غائب از نظر سیاسی برای بوییان مطلوبتر بود.[۶۳][۶۴] همزمان با آلبویه، حکمرانان شیعهفاطمی در مصر و شمال آفریقا، خاندان بنی حمدان در شمال عراق و سوریه و ادریسیان بر بخشهایی از شمال آفریقا حکمرانی میکردند.[۶۵]
شیعه در این زمان به دلیل نفوذ سلسلههای فاطمیان و آلبویه در قلب سرزمینهای اسلامی، مستحکمترین بنیادهای دینی و فکری خود را بنیان نهاد. در این دوره بود که آثار بنیادین اعتقادی شیعه برای نسلهای بعدی فراهمشد. آلبویه علوم شیعی را ترویج نمودند و علمای دینی را از مکاتب گوناگون حمایت کردند و زمینه ورود علوم کلامیِ معتزلی به شیعه را فراهم ساختند.[۶۶]